La sede principale della Fondazione Mediterraneo, con la "Maison de la Paix - Casa Universale delle Culture", è a Napoli in via Depretis 130, nello storico edificio dell'ex Grand Hotel de Londres. In questo immobile vi è altresì la sede della "Maison de la Méditerranée".


Altre sedi operative per progetti mirati sono:

  • Amman - Giovani e creatività
  • Marrakech - Chaire Averroès di Alti Studi Mediterranei


Nel corso degli anni sono state istituite le seguenti sedi tematiche:

  • Algeri - Biblioteca del Mediterraneo
  • Benevento - Sviluppo, sicureza alimentare e nuove tecnologie
  • Caserta - Capitali del Mediterraneo
  • Cosenza - Forum interreligioso
  • Lecce - Culture mediterranee
  • Murcia - Città e dialogo interculturale
  • Skopje - Balcani e Mediterraneo
  • Tartu - Culture classiche


Nel corso degli anni sono stati istituiti bureaux in varie città al fine di sensibilizzare gli attori istituzionali sull'importanza del partenariato euromediterraneo e del processo di pace.