La sede principale della Fondazione Mediterraneo, con la "Maison de la Paix - Casa Universale delle Culture", è a Napoli in via Depretis 130, nello storico edificio dell'ex Grand Hotel de Londres. In questo immobile vi è altresì la sede della "Maison de la Méditerranée".


Altre sedi operative per progetti mirati sono:


Nel corso degli anni sono state istituite le seguenti sedi tematiche:


Nel corso degli anni sono stati istituiti bureaux in varie città al fine di sensibilizzare gli attori istituzionali sull'importanza del partenariato euromediterraneo e del processo di pace.